Так что у меня есть сертификат SSL специально для моего mail. поддомен и отдельный сертификат для моего корневого домена.
Очевидно, я не хочу, чтобы электронные письма были отправлены или получены в стиле user@mail.mydomain.com, Я бы предпочел user@mydomain.com. Вызовет ли это какие-либо проблемы, если я использую mail. сертификат с Dovecot или я должен использовать свой корневой сертификат?
Фактически, все поддомены обрабатываются одним сервером.
Общее имя почтового сервера должно соответствовать используемому домену почтового сервера. Сертификат не зависит от доменов почтового сервера.
В вашем случае ничего делать не нужно.
Клиенты подключаются к почтовому серверу, разрешая домен, затем они проверяют общее имя сертификата по сравнению с ранее использованным доменом.