В чем разница между хранилищем сертификатов и хранилищем ключей?

Это точно то же самое. Однако это терминология keytool, а не терминология openssl. В любом случае он хранит сертификаты (например, список доверенных сертификатов ЦС или ваши сертификаты) и закрытые ключи, если это применимо.

В хранилище ключей хранятся ключи, которые используются для подписи, а в хранилище сертификатов хранятся подписанные сертификаты?