Как изменить формат HTTP-индексов Apache?

Например, этот индекс:

http://howto.unixdev.net/

Отличается от этого индекса:

http://gcc.petsads.us/

Как мне изменить формат индексов для моего веб-сервера?

Два опубликованных вами URL-адреса предназначены для совершенно разных протоколов. Первый - это FTP, а второй HTTP URL. Формат отображения первого полностью зависит от используемого вами клиентского программного обеспечения, второй - это просто HTML-файл, динамически генерируемый веб-сервером Apache httpd.

Apache httpd использует mod_autoindex для генерации индекса (прочтите его док), который можно настроить для создания пользовательского вывода. Может быть, вы ищете что-то вроде этого:

<Directory /var/www/>
  IndexOptions +FancyIndexing +FoldersFirst +XHTML
  IndexStyleSheet "/include/style.css"
  HeaderName "/include/HEADER.html"
  ReadmeName "/include/FOOTER.html"
</Directory>

Это позволяет вам включать произвольные файлы HTML до и после каждого листинга и отображать их с помощью CSS предоставленная вами таблица стилей.