Меня конкретно интересуют записи MX. Я использую whois.com для своего регистратора, и там есть менеджер DNS, в который я могу добавлять записи. У меня есть VPS, и я могу изменить там зону DNS. Что мне делать? Обе?
Нет, вы должны изменять свои записи только на главном сервере (не на вторичном).
DNS основан на делегация: вы делаете в своей зоне то, что хотите, без необходимости явно никому рассказывать.