Серверы A и B имеют DFS-R.
Если я хочу перезагрузить сервер B и все клиенты подключаются к серверу A, нужно ли мне по-прежнему отключать целевые папки для сервера B?
Для ПЕРЕЗАГРУЗКИ?
Нет, просто перезагрузи его. У вас могут быть небольшие перебои в работе, если они являются единственной целью - иначе клиенты упадут, - но вы можете сделать это на выходных или вечером.