Удаляет ли удаление пользователя автоматически из всех групп, в которых он был членом?
Да, это так.
Просмотрите страницы руководства для юзердел команда для получения дополнительной информации, например здесь.
Дополнительно обратите внимание на эту часть:
USERGROUPS_ENAB (логическое)
Если установлено значение yes, userdel удалит группу пользователя, если она больше не содержит участников, а useradd по умолчанию создаст группу с именем пользователя.