CentOS 6.2 отключить автоиндекс httpd

Я пытаюсь отключить автоматический индекс каталогов в конфигурации apache.

<VirtualHost *:80>
    ServerName example.com
    ServerAlias www.example.com example.co.uk www.example.co.uk
    DocumentRoot /var/www/sites/example.com/public
    ErrorLog /var/log/httpd/error.log
    CustomLog /var/log/httpd/access.log combined
    Options -Indexes
</VirtualHost>

Будет ставить Options -Indexes в настройках VirtualHost отключить автоиндекс в этих каталогах?

Да, вставив Options -Indexes вы отключите автоиндекс для всего VirtualHost.

Вы можете прочитать об этом в Основные функции Apache документацию, если вы хотите узнать о ней больше.