Как запустить Spark в кластере с помощью Slurm?

Чтобы запустить приложение с использованием контекста искры, сначала необходимо запустить задание Slurm, которое запускает мастер и некоторые рабочие. При использовании Slurm вам следует остерегаться некоторых вещей:

• не запускайте Spark как демон
• сделать так, чтобы рабочие Spark использовали столько ядер и памяти, сколько требуется для задания Slurm
• чтобы запустить мастер и воркер в одном задании, вам нужно будет где-нибудь в вашем скрипте

Я работаю с бинарными файлами Linux, установленными в $HOME/spark-1.5.2-bin-hadoop2.6/. Не забудьте заменить <username> и <shared folder> с некоторыми допустимыми значениями в скрипте.

#!/bin/bash
#start_spark_slurm.sh

#SBATCH --nodes=3
#  ntasks per node MUST be one, because multiple slaves per work doesn't
#  work well with slurm + spark in this script (they would need increasing 
#  ports among other things)
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=500
#  Beware! $HOME will not be expanded and invalid paths will result Slurm jobs
#  hanging indefinitely with status CG (completing) when calling scancel!
#SBATCH --output="/home/<username>/spark/logs/%j.out"
#SBATCH --error="/home/<username>/spark/logs/%j.err"
#SBATCH --time=01:00:00

# This section will be run when started by sbatch
if [ "$1" != 'srunning' ]; then
    this=$0
    # I experienced problems with some nodes not finding the script:
    #   slurmstepd: execve(): /var/spool/slurm/job123/slurm_script:
    #   No such file or directory
    # that's why this script is being copied to a shared location to which 
    # all nodes have access to:
    script=/<shared folder>/${SLURM_JOBID}_$( basename -- "$0" )
    cp "$this" "$script"

    # This might not be necessary on all clusters
    module load scala/2.10.4 java/jdk1.7.0_25 cuda/7.0.28

    export sparkLogs=$HOME/spark/logs
    export sparkTmp=$HOME/spark/tmp
    mkdir -p -- "$sparkLogs" "$sparkTmp"

    export SPARK_ROOT=$HOME/spark-1.5.2-bin-hadoop2.6/
    export SPARK_WORKER_DIR=$sparkLogs
    export SPARK_LOCAL_DIRS=$sparkLogs
    export SPARK_MASTER_PORT=7077
    export SPARK_MASTER_WEBUI_PORT=8080
    export SPARK_WORKER_CORES=$SLURM_CPUS_PER_TASK
    export SPARK_DAEMON_MEMORY=$(( $SLURM_MEM_PER_CPU * $SLURM_CPUS_PER_TASK / 2 ))m
    export SPARK_MEM=$SPARK_DAEMON_MEMORY

    srun "$script" 'srunning'
# If run by srun, then decide by $SLURM_PROCID whether we are master or worker
else
    source "$SPARK_ROOT/sbin/spark-config.sh"
    source "$SPARK_PREFIX/bin/load-spark-env.sh"
    if [ "$SLURM_PROCID" -eq 0 ]; then
        export SPARK_MASTER_IP=$( hostname )
        MASTER_NODE=$( scontrol show hostname $SLURM_NODELIST | head -n 1 )

        # The saved IP address + port is necessary alter for submitting jobs
        echo "spark://$SPARK_MASTER_IP:$SPARK_MASTER_PORT" > "$sparkLogs/${SLURM_JOBID}_spark_master"

        "$SPARK_ROOT/bin/spark-class" org.apache.spark.deploy.master.Master \
            --ip "$SPARK_MASTER_IP"                                         \
            --port "$SPARK_MASTER_PORT "                                    \
            --webui-port "$SPARK_MASTER_WEBUI_PORT"
    else
        # $(scontrol show hostname) is used to convert e.g. host20[39-40]
        # to host2039 this step assumes that SLURM_PROCID=0 corresponds to 
        # the first node in SLURM_NODELIST !
        MASTER_NODE=spark://$( scontrol show hostname $SLURM_NODELIST | head -n 1 ):7077
        "$SPARK_ROOT/bin/spark-class" org.apache.spark.deploy.worker.Worker $MASTER_NODE
    fi
fi

Теперь, чтобы начать задание sbatch и после этого example.jar:

mkdir -p -- "$HOME/spark/logs"
jobid=$( sbatch ./start_spark_slurm.sh )
jobid=${jobid##Submitted batch job }
MASTER_WEB_UI=''
while [ -z "$MASTER_WEB_UI" ]; do 
    sleep 1s
    if [ -f "$HOME/spark/logs/$jobid.err" ]; then
        MASTER_WEB_UI=$( sed -n -r 's|.*Started MasterWebUI at (http://[0-9.:]*)|\1|p' "$HOME/spark/logs/$jobid.err" )
    fi
done
MASTER_ADDRESS=$( cat -- "$HOME/spark/logs/${jobid}_spark_master" ) 
"$HOME/spark-1.5.2-bin-hadoop2.6/bin/spark-submit" --master "$MASTER_ADDRESS" example.jar
firefox "$MASTER_WEB_UI"

Так как maxmlnkn ответ заявляет, что вам нужен механизм для установки / запуска соответствующих демонов Spark в распределении Slurm, прежде чем Spark jar может быть запущен с помощью spark-submit.

Было разработано несколько скриптов / систем для этой настройки. В ответе, который вы указали выше, упоминается Magpie @ https://github.com/LLNL/magpie (полное раскрытие: я разработчик / сопровождающий этих скриптов). Magpie предоставляет файл для отправки заданий (submission-scripts / script-sbatch-srun / magpie.sbatch-srun-spark), который вы можете редактировать и помещать для выполнения специфики кластера и сценариев заданий. После настройки вы должны отправить это через sbatch -k ./magpie.sbatch-srun-spark). См. Doc / README.spark для получения дополнительной информации.

Я упомяну, что есть другие скрипты / системы, которые сделают это за вас. У меня нет опыта работы с ними, поэтому я не могу комментировать, кроме как просто ссылки на них ниже.

https://github.com/glennklockwood/myhadoop

https://github.com/hpcugent/hanythingondemand