Есть ли способ указать bacula прекратить добавление новых заданий в очередь из расписания, но завершить выполнение текущих?
Я считаю, что именно эту команду вы ищете в bconsole:
Эта команда позволяет отключить задание для автоматического планирования. Задание могло быть ранее включено с помощью директивы Enabled ресурса задания или с помощью команды включения консоли. При следующем перезапуске Director или перезагрузке файла conf для состояния Enable / Disable будет установлено значение в ресурсе Job (по умолчанию включено).