Из того, что я прочитал, невозможно узнать, шпионил ли хост за данными VPS; Но можно ли хотя бы защитить систему от манипуляций, вроде установки на нее скрипта хостом?
Предотвратить невозможно, но можно обнаружить:
Вместо технического предотвращения вы можете расширить сферу действия юридических действий. Убедитесь, что у вас есть контракт, запрещающий подобную деятельность с взаимно согласованными штрафами. Теперь, если вы обнаружите такие действия с помощью упомянутых выше методов, ваш поставщик услуг будет нести ответственность. (Во многих странах это может быть незаконным даже без контракта, но явное обеспечение этого не наносит вреда, а контракт может содержать более строгие санкции, чем закон.)
Это зависит. В общем: НЕТ.
В частности: экранированные виртуальные машины Hyper-V - это именно такие виртуальные машины, защищенные от хоста. Но поскольку «VPS» в контексте вопроса часто используется как «аренда виртуальных машин у какого-либо интернет-провайдера» - удачи в поиске провайдера, предлагающего вам это.