У меня на сервере Linux есть snoopy logger. Он работает отлично, но когда я использую Midnight Commander, я не вижу команд, которые я там сделал. В логах только mc и никаких функциональных клавиш. Так есть ли способ его зарегистрировать?
Это бесполезно. Нажатие функциональных клавиш в Midnight Commander приводит не к командам оболочки, а к прямым вызовам библиотеки и последующим вызовам ядра для изменения файловой системы. Ведение журнала на этом уровне будет огромным и бесполезным (запустите mc in strace, чтобы понять, что я имею в виду).
Если вы хотите отслеживать, кто и когда изменил файл, просмотрите подсистему аудита Linux.