И какие-либо из этих вещей недоступны программно (.Net) из Microsoft.Web.Administration?
Когда вы перезапускаете приложение, рабочие процессы (w3wp.exe) закрываются и запускаются новые.
Когда вы выполняете сброс IIS, вы перезапускаете следующие службы Windows:
Служба администрирования IIS
Активация процесса Windows
Публикация в Интернете
Рабочие процессы зависят от этих сервисов, поэтому, естественно, ВСЕ рабочие процессы (а не только те, которые относятся к приложению, которое вы хотите переработать) закрываются и не могут быть запущены до тех пор, пока WWW Publishing не будет готов снова обрабатывать запросы.