Просто быстрый и простой вопрос, есть ли способ добавить index.php к public_html, на недавно развернутый домен из WHM?
Да, это называется «скелетный каталог».
http://docs.cpanel.net/twiki/bin/view/AllDocumentation/WHMDocs/SkeletonDirectory
Содержание /root/cpanel3-skel/public_html попасть в каждого нового пользователя public_html папка.