Проверить использование ресурсов сервера пользователем на CentOS VPS

Это зависит от того, какой ресурс вы хотите учитывать.

• ЦПУ: Установить учет процессов BSD (пакет acct на Debian; по памяти это psacct на CentOS, но, возможно, я что-то там не помню); это даст вам журнал всех запущенных процессов, включая UID, время ЦП / стены, пиковое использование памяти и т.д. Обработайте по мере необходимости.
• ОЗУ: Для использования «с течением времени» учет процессов BSD поможет. Если вам нужен периодический анализ «на определенный момент времени» (чтобы поймать большие, длительные процессы, которые являются наиболее важным потребителем памяти), я не знаю ничего из готового, но кое-что, что проходит /proc и собирает данные из /proc/X/maps не ракетостроение.
• Сеть: Это не очень хорошо освещенная территория для местных пользователей; если вы сразу после того, как они использовали запрошенный входящий трафик, журналы ваших различных серверов могут быть использованы для анализа использования; если вы разрешаете неограниченные входящие / исходящие соединения (в первую очередь, это не очень хорошая идея) и хотите учитывать этот трафик, что-то вроде netacct может быть наименее худшим вариантом для этого, хотя, если у вас есть гнусные пользователи, не сложно обойтись.
• Дисковое пространство: Периодический du подойдет для простого случая; если вы действительно хотите их остановить, установите дисковые квоты.