Я хочу вот что: файлы зашифрованы на сервере, apache может расшифровать их с помощью сертификатов, которые должен установить клиент, а затем отправить его в зашифрованном виде клиенту через SSL.
Таким образом, файлы всегда зашифрованы на сервере (кроме момента, когда apache расшифровывает их, чтобы снова зашифровать).
Другая возможность - иметь что-то вроде TrueCrypt-Server. Однако каждый клиент должен иметь доступ для записи, как и ftp-сервер.
Кто-нибудь знает такую программу-сервер.
Не используйте Apache / HTTP для обслуживания файлов. Установите SSH на своем файловом сервере и используйте WinSCP или другой графический клиент SCP для загрузки / скачивания. SSH шифрует данные на транспорте, и клиенты SCP работают во многом как ftp, но без надоедливой чуши о «пассивном режиме» и брандмауэров, необходимых для его поддержки. SSH также поддерживает сертификаты.