При выполнении репликации на уровне блоков между 2 дисками (с разделом NTFS) в отдельных, но идентичных установках Windows сохраняются ли права доступа к файлам / папкам?
... сохраняются ли права доступа к файлу / папке?
Ну конечно; естественно. Это копия на уровне блока. Мета-данные, как и разрешения, - это блоки, как и файлы.