Я остановил программу php, нажав ctrl-z, и bg 1 сразу, но соединение кажется недействительным.
Не sleep предполагается правильно восстановить все ресурсы?
Локальное состояние сохраняется при остановке процесса, но состояние удаленных ресурсов, очевидно, невозможно. Если у удаленного экземпляра MySQL истекает время соединения, вам необходимо повторно подключиться.