MySQL: высокое потребление памяти при низкой производительности запросов, какие настройки нужно изменить?

У меня сценарий с довольно большой базой данных. Это около 3 ГБ, и я бью стены с системными ресурсами. Например, вот пример вывода htop:

Вы можете заметить, что здесь много неиспользуемых потоков, однако я вижу в mysqlreport вывод, что у нас есть пара проблем, особенно с количеством используемых соединений 101,11% (91 из 90) и размером используемого пула буферов InnoDB 99,65%:

MySQL 5.5.30-30.2-log    uptime 17 7:43:49      Thu May 23 21:18:30 2013

__ Key _________________________________________________________________
Buffer used     4.69M of 384.00M  %Used:   1.22
  Current      76.39M            %Usage:  19.89
Write hit      93.73%
Read hit       99.89%

__ Questions ___________________________________________________________
Total         209.84M   140.2/s
  QC Hits     158.88M   106.2/s  %Total:  75.71
  DMS          43.01M    28.7/s           20.50
  Com_          7.34M     4.9/s            3.50
  COM_QUIT    610.81k     0.4/s            0.29
  -Unknown      3.32k     0.0/s            0.00
Slow 10 s       1.11M     0.7/s            0.53  %DMS:   2.58  Log:  ON
DMS            43.01M    28.7/s           20.50
  SELECT       35.75M    23.9/s           17.04         83.12
  INSERT        4.16M     2.8/s            1.98          9.67
  UPDATE        2.62M     1.8/s            1.25          6.10
  DELETE      482.21k     0.3/s            0.23          1.12
  REPLACE           0       0/s            0.00          0.00
Com_            7.34M     4.9/s            3.50
  begin         2.48M     1.7/s            1.18
  commit        2.48M     1.7/s            1.18
  set_option    1.22M     0.8/s            0.58

__ SELECT and Sort _____________________________________________________
Scan            2.07M     1.4/s %SELECT:   5.79
Range           1.02M     0.7/s            2.85
Full join      66.72k     0.0/s            0.19
Range check         0       0/s            0.00
Full rng join  16.58k     0.0/s            0.05
Sort scan       1.33M     0.9/s
Sort range    775.90k     0.5/s
Sort mrg pass   5.54k     0.0/s

__ Query Cache _________________________________________________________
Memory usage   44.45M of 128.00M  %Used:  34.73
Block Fragmnt  14.39%
Hits          158.88M   106.2/s
Inserts        32.44M    21.7/s
Insrt:Prune    8.58:1    19.2/s
Hit:Insert     4.90:1

__ Table Locks _________________________________________________________
Waited          1.55k     0.0/s  %Total:   0.00
Immediate      77.82M    52.0/s

__ Tables ______________________________________________________________
Open             1017 of 1024    %Cache:  99.32
Opened         32.31k     0.0/s

__ Connections _________________________________________________________
Max used           91 of   90      %Max: 101.11
Total         610.95k     0.4/s

__ Created Temp ________________________________________________________
Disk table    849.03k     0.6/s
Table           3.27M     2.2/s    Size:  64.0M
File           60.07k     0.0/s

__ Threads _____________________________________________________________
Running             1 of    3
Cached             13 of   16      %Hit:  99.93
Created           418     0.0/s
Slow                0       0/s

__ Aborted _____________________________________________________________
Clients           271     0.0/s
Connects        3.17k     0.0/s

__ Bytes _______________________________________________________________
Sent          654.61G  437.4k/s
Received       74.53G   49.8k/s

__ InnoDB Buffer Pool __________________________________________________
Usage           2.49G of   2.50G  %Used:  99.65
Read hit      100.00%
Pages
  Free            567            %Total:   0.35
  Data        143.48k                     87.57 %Drty:   0.76
  Misc          19796                     12.08
  Latched                                  0.00
Reads          16.95G   11.3k/s
  From file   152.16k     0.1/s            0.00
  Ahead Rnd         0       0/s
  Ahead Sql                 0/s
Writes          1.36G   908.9/s
Flushes        16.35M    10.9/s
Wait Free           0       0/s

__ InnoDB Lock _________________________________________________________
Waits            7986     0.0/s
Current             0
Time acquiring
  Total       5380317 ms
  Average         673 ms
  Max           51648 ms

__ InnoDB Data, Pages, Rows ____________________________________________
Data
  Reads       688.56k     0.5/s
  Writes       23.27M    15.5/s
  fsync         7.03M     4.7/s
  Pending
    Reads           0
    Writes          0
    fsync           0

Pages
  Created     632.93k     0.4/s
  Read        688.43k     0.5/s
  Written      16.35M    10.9/s

Rows
  Deleted      59.09M    39.5/s
  Inserted    132.33M    88.4/s
  Read         10.31G    6.9k/s
  Updated     246.23M   164.5/s

Фактические настройки в /etc/my.cnf для этих двух конкретных элементов:

max_connections=250
innodb_buffer_pool_size = 2560M

Очевидно для НЕКОТОРЫЕ Причина, по которой соединения ограничиваются 90 против 250 и я предполагаю, что мне нужно поднять лимит на innodb_buffer_pool_size, однако я не всегда вижу области, которые нужно уменьшить, что даст мне ОЗУ для увеличения.

Этот снимок не был сделан в загруженное время дня, но система, зависящая от этой базы данных, работает ужасно медленно.

Любой ввод относительно того, какие настройки MySQL conf принесут необходимые плоды для решения этой проблемы?