Какой файл отредактировать, чтобы настроить порт, который будет использоваться коннектором AJP и коннектором JMX для tomcat?
Для коннектора AJP определите его в /conf/server.xml, конфигурация по умолчанию следующая:
<!-- Define an AJP 1.3 Connector on port 8009 -->
<Connector port="8009" protocol="AJP/1.3" redirectPort="8443" />
Для jmx-порта добавьте его в java_opts при запуске в catalina.sh:
-Dcom.sun.management.jmxremote.port=9004