Похоже, что у инстансов RDS Amazon отключено шифрование для подключений - есть ли способ включить шифрование SSL на инстансах RDS?
Поддерживается только для экземпляров mysql RDS. См. Последние два вопроса в разделе часто задаваемых вопросов «безопасность».
http://aws.amazon.com/rds/faqs/#How_do_I_secure_Amazon_RDS_DB_Instances_running_within_my_VPC