Возможный дубликат:
Советы по защите LAMP-сервера
На сервере на базе Linux, каковы некоторые из лучших практик для защиты PHP?
Какие функции следует отключить (например, exec, exec_shell, system)?
mod_php не является решением, потому что все процессы PHP работают с одним и тем же UID и правами доступа.
я использую suPHP для общего сервера. Таким образом, у всех пользователей есть свои собственные системные учетные записи, и каждый процесс PHP запускается со своим собственным UID. -> Pro: пользователи имеют ограниченный доступ и изолированы друг от друга. Против: меньшая производительность, потому что это в основном модель CGI.
Стюарт Герберт вел серию блогов о на этом и другие решения для настройки PHP.