У нас есть 4 веб-сервера, и все они обслуживают один домен. Но мы добавляем поддомены в IIS. Знаете ли вы, каково максимальное количество поддоменов для IIS 7.5? Теперь у нас 30 поддоменов.
Как заметил Грэм, есть еще один хороший пост об этом Вот.
Я не уверен, настроены ли ваши поддомены как новые сайты или как новые привязки сайтов, но в любом случае IIS поддерживает тысячи сайтов и привязок. Новый сайт будет иметь некоторые накладные расходы на память, но они очень незначительные. Для .NET это где-то около 15-50 МБ дополнительных накладных расходов для нового пула приложений плюс .NET framework.
Массовые хостеры видят, что количество сайтов исчисляется тысячами, поэтому вы можете быть в безопасности со своей конфигурацией.