Если eAccelerator использует кеш опкодов для запросов PHP, то почему не все компании используют его на своих производственных серверах? Есть ли причина, по которой Apache / PHP / mod_php не связывает его со своим пакетом?
Не все пакеты / скрипты работают с eAccelerator. И eAccelerator никогда не войдет в PHP, потому что APC - Advanced PHP Cache - включен в PHP 5.4 и обычно считается лучше, чем eAccelerator.
Кроме того, не все веб-серверы используют PHP как модуль Apache (mod_php); в общем веб-хостинге довольно часто PHP запускается для каждого пользователя с помощью suphp или fastcgid. eAccelerator плохо работает с fastcgid, тем более с suphp.