Я предполагаю, что это современная установка, поэтому нет ничего странного, как DC и SQL-Server на одном компьютере. Подумайте об установке в соответствии с рекомендациями Microsft и всеми рекомендуемыми настройками на обоих серверах в домене Windows 2008R2 с sql2008R2.
В идеале SQL Server должен работать на выделенном сервере - без IIS, без DC и других приложений! Это сделано в первую очередь из соображений безопасности и производительности - в частности, памяти и ввода-вывода диска - но также упрощает устранение неполадок. Если речь идет не о SQL Server Express, затраты на лицензирование SQL Server, безусловно, оправдывают выделенную коробку.
В кластерных средах SQL Server установщик запрещает установку SQL Server на контроллер домена.
Смотрите также: http://www.sql-server-performance.com/faq/domain_controller_performance_p1.aspx