в sites-available / default есть некоторая конфигурация по умолчанию .. например:
ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
<Directory "/usr/lib/cgi-bin">
[...]
и
Alias /doc/ "/usr/share/doc/"
<Directory "/usr/share/doc/">
[...]
я могу удалить их или они нужны для какой-то функции apache?
Если вам не нужен CGI или документ, его можно безопасно удалить. Но может оказаться, что другие программы, которые вы можете установить вместе со своим дистрибутивом, полагаются на функциональность CGI по умолчанию и не будут работать должным образом.
Да, их можно смело удалить.