Каждый раз, когда я перезагружаю свой сервер, мой баннер motd переписывается.
Какая программа (или сценарий запуска) это делает и как отключить?
Я обычно отключаю это, и я не могу вспомнить, что это делает из головы. Я считаю, что это сценарий инициализации, попробуйте запустить его, чтобы найти:
find /etc -type f -exec egrep '(motd|issue)' {} \;