У меня есть веб-служба, размещенная на Tomcat, которая стоит за IIS 6.0. Я использую Tomcat Connector для подключения Tomcat к IIS.
Моя веб-служба открывает SSL-соединение с другим сервером:
Если вы имеете в виду, что в вашем Java-коде вы открываете SSL-соединение, то оно сделано из tomcat и использует хранилище ключей tomcat.
Только если вы его зарегистрируете. Я рекомендую записывать каждое попадание во внешнюю зависимость в приложении.