Я знаю, что можно использовать подстановочные знаки для псевдонимов поддоменов, например:
ServerAlias *.domain.com
Но можно ли использовать это для домены есть такой же поддомен?
# like this
ServerAlias subdomain.*.com
Да, это должно сработать - правила использования подстановочных знаков в ServerAlias не нужно беспокоиться о правилах, которым следуют подстановочные знаки DNS.