У меня есть докер, установленный в OS X, и я использую докер-машину с моим сервером хост-провайдера. Операционная система сервера - CoreOS, у меня есть 3 легких сайта с экземплярами NGINX, Mongo и MySQL. Иногда сайты не работают, а поддержка провайдера предлагает мне мало оперативной памяти, но 2 ГБ ОЗУ недостаточно для такого рода вещей?
MySQL может потреблять тонны памяти. Монго тоже сам по себе. У вас и то, и другое, наверное, при стандартных настройках. Протолкните его минимум до 4 ГБ.