Если я хочу обновить значение раздела реестра, я могу вручную изменить значение или использовать файл .reg, выполнив RightClick -> Merge. Будет ли разница, если я воспользуюсь одним из них вместо другого?
Нет никакой разницы, AFAIK. Кроме того, вы можете дважды щелкнуть файл .reg, чтобы импортировать / добавить его в реестр.