Я просто вытащил образ докеры php: 5-apache, и он работает хорошо, и все, но нет /etc/php5/apache2/php.ini файл, поэтому я не могу добавить extension=mongodb.so даже если он установлен с PECL.
Вы можете посмотреть какие каталоги php ищет ini-файлы с --ini флаг. Вот пример на php:5-apache образ:
root@2ca6abaef312:/var/www/html# php --ini
Configuration File (php.ini) Path: /usr/local/etc/php
Loaded Configuration File: (none)
Scan for additional .ini files in: /usr/local/etc/php/conf.d
Additional .ini files parsed: (none)
Вы можете создать ini-файл в /usr/local/etc/php/conf.d с необходимыми вам изменениями.