Я знаю, что можно запускать и останавливать уже установленные службы, но можно ли установить новую службу с заданным исполняемым файлом?
Это зависит.
В зависимости от среды AD вы можете развернуть множество приложений через GPO с помощью SMS, который теперь называется SCCM; или вы можете сделать это просто (и кропотливо олдскульно, используя самостоятельно созданные пакеты). Это зависит от того, поддерживает ли ваша инфраструктура развертывание приложений или вам нужно создать решение Франкенштейна.
Вот статья MS о том, как это сделать с помощью методов GPO старой школы:
https://support.microsoft.com/en-us/kb/816102
Примечание: вам нужно быть осторожным с разрешениями GPO, чтобы иметь возможность правильно развертывать приложения. В некоторых случаях вам необходимо применить разрешения безопасности GPO как к компьютеру, так и к группам пользователей.