последняя версия squid не принимает дублированные домены, например:
example.com
pre.example.com --- this is no longer necessary
и требует, чтобы домены начинались с "."
добавить точку просто:
sed -i 's/^/\./' filename_with_domain_list
а как убрать дубликаты.?
Самый простой способ - запустить squid -k parse. Он сообщит вам, какие строки ошибочны.