Я использую DROP COLUMN в столбце первичного ключа (я знаю, это ужасно, но мне пришлось это сделать). Есть индикатор прогресса:
Stage: 1 of 2 'copy to tmp table' 107% of stage done
Я не менял данные во время операции. Почему это должно быть закончено более чем на 100%? Это когда-нибудь остановится?
Innodb (и, в свою очередь, xtradb) не ведет подсчет количества строк в таблице. Количество строк, отображаемых при выполнении SHOW TABLE STATUS чисто оценка.
Вероятно, ваш инструмент с индикатором прогресса использует эту информацию для определения 100%. Поскольку это оценка, значит и процент выполнения.
Эта статья о stackoverflow более подробно.