скрыты все файлы public_html! но как?

У моего хоста есть скрытые файлы на моем веб-сервере node.js (он сделал это в мае / июне 2013 года) и не может вспомнить, как / что он сделал ...

Мне нужно спросить на этом этапе, поскольку я читал материал о centos и просматривал файл http.config и на самом деле не видел, чтобы что-то изменилось при выключении и повторном включении.

симптомы:

когда вы переходите на mysite.com, вы видите только индекс (файлы не отображаются), но public_html заполнен файлами .js, папками, изображением .png (это хорошо)

когда вы переходите на mysite.com/example.png, вы получаете 404 not found (это плохо)

когда вы заходите на mysite.com/example.js, вы получаете 404 not found (это хорошо!)

код в файлах .js может быть легко доступен my_client_code_site.com (это тоже хорошо!)

какие-нибудь подсказки относительно того, как было достигнуто такое поведение?

это полезно ?:

ServerName ${DOM}
ServerAlias www.${DOM}
DocumentRoot ${HOME}/public_html
ErrorLog /var/log/virtualmin/${DOM}_error_log
CustomLog /var/log/virtualmin/${DOM}_access_log combined
ScriptAlias /cgi-bin/ ${HOME}/cgi-bin/
DirectoryIndex index.html index.htm index.php index.php4 index.php5
<Directory ${HOME}/public_html>
Options -Indexes +IncludesNOEXEC +SymLinksIfOwnerMatch
allow from all
AllowOverride All Options=ExecCGI,Includes,IncludesNOEXEC,Indexes,MultiViews,SymLinksIfOwnerMatch
</Directory>
<Directory ${HOME}/cgi-bin>
allow from all
AllowOverride All Options=ExecCGI,Includes,IncludesNOEXEC,Indexes,MultiViews,SymLinksIfOwnerMatch
</Directory>

ОБНОВИТЬ

Дополнительная информация от моего хозяина:

а) работают только два домена, файлы видны в одном домене, а не в другом (так что какое бы правило ни было, оно работает не на уровне сервера)

б) конфигурация виртуального хоста в httpd.conf идентична для обоих доменов (кроме IP-адреса и путей, конечно)

c) Я попытался поменять местами имена домашних каталогов друг с другом (и соответственно chown), но он по-прежнему не работает (файлы невидимы)

Где еще я могу посмотреть, что бы это могло быть?

ОБНОВИТЬ: мы думаем, что это как-то связано с референт