Вам нужно перезапустить MySQL, чтобы отредактировать изменения? Или вы можете редактировать их на лету и перезапускать MySQL или вносить изменения внутри MySQL?
На этом сервере работают сотни активных веб-сайтов, и я действительно не хочу останавливать mysql для перезапуска, если мне не нужно.
Остановите сервер, внесите изменения в my.cnf и затем запустите сервер. Он правильно отразит изменения.
Если переменная глобальная, вы можете изменить ее внутри MySQL,
но он сохранит новое значение только до следующего перезапуска сервера.
И если это переменная сеанса, она сохранит новое значение только для этого конкретного сеанса.
Например:
mysql> установить глобальный max_connections = 200;