На Apache вы можете легко настроить его через файл htaccess:
<IfModule mod_fcgid.c>
Action php-fcgi /fcgi-bin/phpcgi-starter-5.3
</IfModule>
<IfModule mod_fcgid.c>
Action php-fcgi /fcgi-bin/phpcgi-starter-5.4
</IfModule>
Есть ли что-то подобное для Nginx + PHP-FPM?
Просто запустите каждую версию php-fpm на другом порту (или сокете) и настройте соответствующий порт в своем fastcgi_pass
параметр в вашем nginx server
блок. Например, у вас может быть версия 5.3, работающая на порту 9000, а версия 5.4 - на порту 9001.