Я новичок в этом, но, судя по документации и руководствам по flask, nginx и uwsgi, которые я нашел, стандарт, похоже, использует nginx для передачи переменных конфигурации в uwsgi.
Почему это предпочтительнее, чем установка переменных конфигурации в ini-файле в /etc/uwsgi/myapp.ini? Мне кажется странным привязывать uwsgi к nginx, когда есть довольно простой способ разделить все.
Я думаю, что вы имеете в виду вары CGI / WSGI. Это единственное, что требуется от nginx. Все остальные настройки выполняются в специфической конфигурации uWSGI. Есть возможность загружать приложения WSGI, передавая их имя из nginx, но это далеко не «стандарт» (и я категорически не рекомендую такую настройку)