Я пытаюсь удалить пакеты с помощью шаблона формирования облака.
У меня есть и я могу установить его, используя структуры пакетов и файлов, но мне нужно удалить один и установить другую версию.
т.е. удалить java 1.6 и установить java 1.4
Шаблоны CloudFormation могут выполнять произвольные сценарии пользовательских данных, а это значит, что вы можете делать практически все, что захотите. Вот один сложный пример, но вы могли бы так же легко сослаться на это кукольный гид или CFN страница шаблонов (в высокодоступном шаблоне RoR есть несколько хороших примеров UserData).