На моем VPS Debian Squeeze Xen настроен туннель Hurricane Electric. Вроде работает половину времени, а половину времени отбрасывает входящий трафик в туннель. Я сделал что этот вопрос ответ сказал, но безрезультатно: он по-прежнему периодически перестает принимать трафик. Когда я пингую его, когда он не принимает трафик, он выдает ошибку «Целевой хост недоступен», так что это может быть просто проблема маршрутизации, которая находится на стороне HE, но я не знаю.
Если у вас более 1 интерфейса Ethernet, вы случайно не настроили два шлюза? Если это так, это может вызвать периодические проблемы с подключением к туннелю, удалите шлюз, который вы не должны использовать. Обычный трафик IPv4 может нормально работать, если ему разрешено проходить через любой шлюз.
Если хост находится за брандмауэром с отслеживанием состояния, брандмауэр может сбросить трафик, если состояние истекло. Создание задания cron на хосте, которое отправляет пинг (или что-то подобное) на внешний хост каждые несколько минут, может поддерживать актуальность состояния брандмауэра.