Мне нужно как-то включить / отключить сторонние надстройки COM в MS Word 2007 индивидуально, без доступа к графическому интерфейсу Word. Можно ли как-то управлять ими через реестр или через какие-то параметры скрипта / интерфейса командной строки?
Да, эти надстройки можно включать / отключать из реестра.
Дополнительная информация в этой статье MSDN: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb386106.aspx