Сейчас я настраиваю Apache следующим образом:
AddHandler cgi-script cgi pl
Так что .pl будет интерпретироваться как сценарий CGI.
.pl
Как я могу заставить его работать как mod_perl вместо?
mod_perl
Погуглил "howto mod_perl" поднимает хорошее руководство для начинающих и краткое вступление с примерами.