Иногда Apache решает не завершать работу. killall apache2 или kill -9 (apache2 PID here) выключает его, так что он действительно может запустить резервное копирование без использования порта. Другие сообщения, похоже, указывают на то, что PHP 5.2 может иметь проблемы с зависанием Apache. Я использую рабочий MPM в системе x86_64 Gentoo Linux, если это помогает.
Есть ли еще какие-нибудь вещи, которые я должен рассмотреть, чтобы повесить Apache, кроме PHP? Стоит ли останавливать Apache с помощью /etc/init.d/apache2 gracefulstop вместо того /etc/init.d/apache2 stop?
Переход на prefork MPM устранил эту проблему за счет большего использования памяти. Я предполагаю, что есть какая-то проблема с параллелизмом, которая предотвращает все worker потоки от правильной остановки. Также PHP не рекомендует использовать ничего, кроме prefork, так что, вероятно, для этого есть веская причина.