Можно ли настроить Loglevel так что он проигнорирует определенный модуль, например ssl_engine_io.c ?
Конечно, все возможно. У вас есть источник. :) Однако без перекомпиляции сделать это невозможно.
В любом случае уровень журнала устанавливается в структуре server_rec, подразумевая, что он установлен для каждого виртуального хоста.
Функции ap_log_ * получают информацию о файле и строке вызывающего, так что можно было бы взломать эту функцию в исходный код обычным способом.