Может несколько make installs вызывают проблемы для системы пакетов?
Например:
cd /usr/ports/*/nmap && make install
cd /usr/ports/*/firefox && make install
Да, если два порта имеют одинаковую зависимость, попробуйте построить их одновременно, одна или обе сборки завершатся ошибкой. Лучше строить порты последовательно (создание мета-порта для всех портов, которые вы хотите установить, - хорошая идея, если вы собираетесь делать это на нескольких машинах) и запустить make с -j # для увеличения параллелизма там, где это возможно.