Скажем, у меня настроено еженедельное и ежемесячное резервное копирование в rsnapshot. Будет ли еженедельно резервные копии создают жесткие ссылки на те же файлы, созданные предыдущим ежемесячно бэкап (и наоборот)?
Да.
При каждом ротации (ежечасно, ежедневно, еженедельно, ежемесячно) rsnapshot сначала выполняет cp -L («копировать» только с жесткими ссылками), а затем запускает rsync, который удаляет ссылки и заменяет их новыми / обновленными файлами.
Если файлы не меняются в течение всей ротации, вы сохраняете только одну копию всех файлов и множество ссылок на одни и те же данные на диске.
Если вы включите отладку (подробный вывод), вы можете увидеть фактические команды rsnapshot использует.