nginx + php fpm -> 404 страницы php - файл не найден

*2037 FastCGI sent in stderr: "Primary script unknown" while reading response header from upstream

 server {
    listen   80; ## listen for ipv4; this line is default and implied
    #listen   [::]:80 default ipv6only=on; ## listen for ipv6

    server_name .site.com;
    root /var/www/site;
    error_page 404 /404.php;
    access_log /var/log/nginx/site.access.log;
    index index.html index.php;


    if ($http_host != "www.site.com") {
             rewrite ^ http://www.site.com$request_uri permanent;
   }

    location ~* \.php$ {
        fastcgi_index   index.php;
        fastcgi_pass    127.0.0.1:9000;
        #fastcgi_pass   unix:/var/run/php-fpm/php-fpm.sock;
         fastcgi_buffer_size 128k;
         fastcgi_buffers 256 4k;
         fastcgi_busy_buffers_size 256k;
         fastcgi_temp_file_write_size 256k;
         fastcgi_read_timeout 240;

        include         /etc/nginx/fastcgi_params;
        fastcgi_param   SCRIPT_FILENAME    $document_root$fastcgi_script_name;
        fastcgi_param   SCRIPT_NAME        $fastcgi_script_name;
    }

    location ~ /\. {
        access_log off;
        log_not_found off;
        deny all;
    }

   location ~ /(libraries|setup/frames|setup/libs) {
       deny all;
       return 404;
   }

    location ~ ^/uploads/(\d+)/(\d+)/(\d+)/(\d+)/(.*)$ {
             alias /var/www/site/images/missing.gif; 
#i need to modify this to show only missing files. right now it is showing missing for all the files.

    }

    location ~*  \.(jpg|jpeg|png|gif|ico|css|js)$ {
            access_log off;
            expires 20d;
    }

    location /user_uploads/ {
            location ~ .*\.(php)?$
            {
                deny all;
            }
    }

    location ~ /\.ht {
             deny  all;
    }

}

Конфигурация php-fpm используется по умолчанию и не затрагивается.

Для меня проблема немного странная. Отображаются страницы ошибок Файл не найден только если это файлы .php. Другие файлы ошибок явно вызывают файл 404.php

site.com/test => вызывает 404.php
site.com/test.php => Файл не найден.

Ищу и вношу изменения. но это не решило проблему.