Высокая загрузка процессора MySQL на небольшом веб-сайте

У меня есть небольшой веб-сайт, размещенный на выделенном сервере (FreeBSD 9.2, MySQL 5.6.1 и php 5.5.5). Проблема в том, что MySQL съедает много ресурсов процессора, даже если на сайте мало посетителей. База данных небольшая (самая большая таблица содержит около 12 тыс. Строк)

Я включил журнал медленных запросов в my.conf, но в журнале нет запросов.

Файл журнала ошибок не содержит полезной информации (фактически он пуст)

Вот спецификации сервера

ЦПУ

hw.machine: amd64
hw.model: Intel(R) Xeon(R) CPU           X3330  @ 2.66GHz
hw.ncpu: 4
hw.machine_arch: amd64

Информация о передаче HHD

Seek times:
    Full stroke:      250 iter in   1.507837 sec =    6.031 msec
    Half stroke:      250 iter in   1.461401 sec =    5.846 msec
    Quarter stroke:   500 iter in   5.829283 sec =   11.659 msec
    Short forward:    400 iter in   2.668680 sec =    6.672 msec
    Short backward:   400 iter in   3.261849 sec =    8.155 msec
    Seq outer:   2048 iter in   0.247219 sec =    0.121 msec
    Seq inner:   2048 iter in   0.246036 sec =    0.120 msec
Transfer rates:
    outside:       102400 kbytes in   1.207812 sec =    84781 kbytes/sec
    middle:        102400 kbytes in   1.342168 sec =    76294 kbytes/sec
    inside:        102400 kbytes in   1.893578 sec =    54078 kbytes/sec
I/O command overhead:
    time to read 10MB block      0.131751 sec   =    0.006 msec/sector
    time to read 20480 sectors   2.170542 sec   =    0.106 msec/sector
    calculated command overhead 

    =    0.100 msec/sector

верх (в моменты, когда нагрузка высока)

 Mem: 1518M Active, 1396M Inact, 732M Wired, 50M Cache, 435M Buf, 239M Free
 4949 mysql          27  52    0  2236M  1434M uwait   3 180:02 66.26% mysqld

my.cnf

[mysqld]
sql_mode=NO_ENGINE_SUBSTITUTION
skip-external-locking
max_connections=5000
max_connect_errors=1500
ft_min_word_len = 2
myisam_sort_buffer_size = 64M

# Log slow queries
slow_query_log = 1
slow_query_log_file = /var/log/slow-queries.log
long_query_time = 1
key_buffer              = 384M
max_allowed_packet      = 32M
thread_stack            = 128K
thread_cache_size       = 128
thread_concurrency      = 16

wait_timeout            = 2000
interactive_timeout     = 10000
join_buffer_size = 1M
sort_buffer_size = 2M
read_buffer_size = 1M
read_rnd_buffer_size = 2M
query_cache_size = 268435456
query_cache_type=1
query_cache_limit=1048576

Понятия не имею, что случилось.