Я использую mongrel + apache 2.2 + mod_proxy_balancer + mysql
apache2.2 хорошо IPv6 http://httpd.apache.org/docs/2.2/en/bind.html#ipv6
Хорошо ли MySQL 5.0 поддерживает IPv6?
MySQL не получил полной поддержки IPv6 до версия 5.5.3.
похоже, что работа над ним еще продолжается. в Google есть куча исправлений и отчетов об ошибках для "mysql ipv6".
с другой стороны, вы, вероятно, НЕ хотите, чтобы ваша база данных MySQL была доступна в Интернете, поэтому вы можете сохранить ее на IPv4 / localhost или использовать сокеты.