На мой вопрос (должно быть) довольно легко ответить.
Если у меня есть server1, реплицирующий данные на server2, папку A .. и я удаляю реплицированную папку в управлении DFS, затем повторно добавляю эту папку (возможно, в новую группу репликации) и связываю ее с той же папкой A .. Будет ли это просто проверить наличие файлов и, если да, пропустить их?
Да, в основном то, что вы будете делать, - это то, что Microsoft называет «предварительным посевом». http://technet.microsoft.com/en-us/library/dn495044.aspx
Он быстро вычисляет контрольную сумму и должен сохранять одинаковые файлы. Однако я видел, что это идет наперекосяк, в этом случае убедитесь, что размеры ваших PreExisting и ConflictedAndDeleted папок установлены довольно большими, поскольку DFS будет перемещать файлы, с которыми он не знает, что делать здесь. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc754229.aspx
восстановить эти файлы довольно просто, и Microsoft даже предоставила инструмент - http://blogs.technet.com/b/askds/archive/2010/10/15/restoredfsr-vbs-version-3-now-available.aspx
Это довольно безопасно, особенно с кешем, который он встраивает в конфликтующие и удаленные файлы.